זיקוק מולקולרי הוא שיטת זיקוק המופעלת תחת ואקום גבוה, כאשר הנתיב החופשי הממוצע של מולקולות האדים גדול מהמרחק בין משטח האידוי למשטח המתעבה. לפיכך, ניתן להפריד את התערובת הנוזלית על ידי הפרש קצב האידוי של כל אחת מהן. מרכיב בנוזל ההזנה.
זהו סוג של זיקוק בסביבת ואקום גבוה, להבדלים בין הנתיב החופשי של תנועה מולקולרית של חומר, בוצע בחומר הרגיש לחום או בתהליך זיקוק וטיהור חומרי נקודת רתיחה גבוהה. זיקוק דרך קצר משמש בעיקר בכימיקלים, תרופות, פטרוכימיה, תבלינים, פלסטיק, שמן ותחומים אחרים.
ניתן להתאים מספר שלבים לפי בקשות הלקוחות